Dersom man bytter fra Reference Manager til EndNote mens man arbeider med et dokument, må man også huske å konvertere siteringene i dokumentet fra å være Reference Manager-siteringer til å bli EndNote-siteringer.
Åpne det aktuelle dokumentet i Word med det tilhørende biblioteket åpent i EndNote-programmet i «bakgrunnen». Det er ikke nødvendig å ha Reference Manager-basen tilgjengelig når man koverterer siteringene i Word-dokumentet.
Velg Convert Citations and Bibliography under kategorien Bibliography i EndNote-verktøymenyen til Word. Velg deretter Convert Reference Manager Citations to EndNote (se under).
Word-programmet vil nå søke etter de innsatte referansene i EndNote-biblioteket som er åpent i bakgrunnen. Dersom både førsteforfatterens etternavn, årstall og referansenummer stemmer, vil siteringene formateres automatisk i henhold til valgt stil. Dersom minst én av disse kriteriene ikke er innfridd, vil man få opp en dialogboks for å velge hvilken referanse som skal settes inn.
Dokumentet er ferdig konvertert til EndNote-koder når hele alle siteringene er funnet på denne måten.
Det finnes en annen metode for konvertering av siteringene denne denne metoden fører til at Word hat problemer med veldig mange referanser. Kontakt i så fall biblioteket som kan hjelpe mer informasjon om denne.